Вірус гепатиту B входить до родини Hepadnaviridae. Вірусна частинка складається з зовнішньої ліпідної оболонки та ікосаедричного внутрішнього нуклеокапсиду що складається з білків. Зовнішня оболонка також містить вбудовані білки які беруть участь в прив’язуванні, та проникненні в сприйнятливі клітини. Цей вірус є одним з найменших оболонкових вірусів тварин, але існують плеоморфні форми, що включають філаментні та сферичні тіла з відсутнім ядром.