У багатьох клітин грибів є клітинна стінка. Відсутня вона лише у зооспор і вегетативних клітин деяких примітивних грибів. На 80-90% вона складається з азотистих і безазотистих полісахаридів, у більшості основних полисахаридом є хітин, у оомицетов — целюлоза. Також до складу клітинної стінки входять білки, ліпіди і поліфосфати. Всередині знаходиться протопласт, оточений цитоплазматичної мембраною. Протопласт має будову що є типовою для еукаріот. Є запасаючі вакуолі, що містять волютин, ліпіди, глікоген, жирні кислоти (в основному ненасичені) і інші речовини. Ядер одне або кілька. У різних груп переважають різні стадії по плоїдності.